Το 80% των ατόμων που μολύνονται με τον ιό του Δυτικού Νείλου παραμένουν ασυμπτωματικοί, το 20% εμφανίζουν ήπια συμπτωματολογία, ενώ λιγότεροι από το 1% εμφανίζουν σοβαρή κλινική νόσο με προσβολή του κεντρικού νευρικού συστήματος.
- Ασυμπτωματικοί: Το 80% των ατόμων που μολύνονται από τον ιό, δηλαδή οι 4 στους 5, δεν εκδηλώνουν κανένα απολύτως σύμπτωμα οπότε μπορεί να έχουν μολυνθεί με τον ιό κάποια στιγμή στη ζωή τους και να μην το γνωρίζουν.
- Ήπια νόσος: Το 20% αυτών που μολύνονται εμφανίζουν ήπια κλινικά συμπτώματα όπως πυρετό, πονοκέφαλο, πόνο στους μυς και τα κόκκαλα, δερματικά εξανθήματα συνήθως στον κορμό και διόγκωση των λεμφαδένων. Από τη στιγμή της μόλυνσης μέχρι τη στιγμή της εμφάνισης των συμπτωμάτων, μεσολαβεί ένα χρονικό διάστημα 2- 14 ημερών, περίοδος που μπορεί να παραταθεί σε ασθενείς με διαταραχές του ανοσοποιητικού τους συστήματος. Τα συμπτώματα διαρκούν 5- 7 ημέρες και υποχωρούν.
- Σοβαρή νόσος: Λιγότερο του 1% των ατόμων που μολύνονται από τον ιό, θα εμφανίσουν σοβαρή κλινική εικόνα με συμμετοχή του κεντρικού νευρικού συστήματος (μηνιγγίτιδα/ εγκεφαλίτιδα). Τα συμπτώματα της σοβαρής νόσου περιλαμβάνουν τον υψηλό πυρετό και έντονο πονοκέφαλο, τον αποπροσανατολισμό και τις διαταραχές συμπεριφοράς, τους σπασμούς, την παράλυση, το κώμα.
Τα άτομα που βρίσκονται σε μεγαλύτερο κίνδυνο για σοβαρή νόσο και θάνατο είναι οι ανοσοκατασταλμένοι ασθενείς και οι άνθρωποι ηλικίας άνω των 65 ετών, που λόγω και άλλων νοσημάτων, έχουν επιβαρυμένο ιστορικό.