Ο ιός του Δυτικού Νείλου (West Nile Virus) ανήκει στο γένος Flavivirus της οικογένειας Flaviviridae.
Η οικογένεια περιλαμβάνει περισσότερους από 70 ιούς, 40 από τους οποίους είναι παθογόνοι για τον άνθρωπο, όπως οι ιοί του Δάγκειου πυρετού, της κρωτογενούς εγκλεφαλίτιδας, της Ιαπωνικής εγκεφαλίτιδας, του κίτρινου πυρετού κ.α.
Παρόλο που η αντιγονική συγγένεια μεταξύ των φλαβοϊών είναι αρκετά μεγάλη, το γένος υποδιαιρείται περαιτέρω σε 12 ορολογικές ομάδες, με τον ιό του Δυτικού Νείλου να ανήκει στην ορολογική ομάδα των ιών της Ιαπωνικής εγκεφαλίτιδας.
Όσον αφορά στις γενετικές παραλλαγές του ιού του Δυτικού Νείλου, τα μέχρι σήμερα παθογόνα στελέχη ανήκουν σε δύο διακριτές γενετικές ομάδες του ιού, την 1 και τη 2.
Η ομάδα 1 περιλαμβάνει στελέχη του κλάδου 1a που ανιχνεύτηκαν σε Αφρική, Ασία, Ευρώπη και Αμερική και του κλάδου 1b που ενδημεί στην Αυστραλία.
Η ομάδα 2 προσφάτως αποδείχτηκε ότι περιλαμβάνει στελέχη παθογόνα για τον άνθρωπο, όπως το αρχικό στέλεχος που είχε απομονωθεί για πρώτη φορά το 1937 στην Ουγκάντα αλλά και το στέλεχος Nea Santa- Greece που απομονώθηκε από τα αρχικά περιστατικά της επιδημίας του Νομού Κιλκίς.